Сеть коэкспрессии - это неориентированный граф, в котором ребра между генами означают коэкспрессию. Таким образом, экспрессия двух генов скореллирована, но один ген не обязательно регулирует другой.

Если гены x, y, z коэкспрессируются, про регуляторные отношения ничего не известно. Для коэкспрессии генов x, y, z можно построить граф, где вершины, соответствующие данным генам попарно соединены.

Генно-регуляторная сеть - это ориентированный граф, в котором для пары генов известно, какой ген является фактором транскрипции – активатором или репрессором, а какой ген является регулируемым.

Полной информации о взяимодействии генов в генно-регуляторной сети нет, поэтому мы можем лишь приближать структуру сети различными методами.

Сеть коэкспрессии и генно-регуляторная сеть имеют разную структуру.

Для данной структуры коэкспрессии генов x, y, z может существовать множество вариантов топологии генно-регуляторной сети.