А ведь мы с вами знаем, что надо сделать. Надо собрать всю информацию о подобных генах и формализовать её.
Смотрите, есть такой текст (на минуточку, это лучшее, что вы можете найти про IGF1).
Но с этой информацией невозможно работать. Это просто повесть. Нужно всё систематизировать, чтобы построить модели. Причем, это мало информации.
Не нам первым пришла такая идея.
Известные нам базы данных (БД) генов про старение:
🗄HAGR (Human Ageing Genomic Resources) — данные о генах, ассоциированных со старением, проект Жао Педро де Мегалиса
🗄AgeFactDB (JenAge Ageing Factor Database) — данные с GeneAge
🗄http://www.uwaging.org/genesdb/#genes — данные о генах, ассоциированных со старением
🗄CID (CISBAN Interactomes Database)l — база о взаимодействиях генов, связанных со старением
🗄DAA (Digital Aging Atlas) — данные о возрастных изменениях экспрессии генов
🗄SeneQuest (ISCA, International Cell Senescence Association) — данные об изменениях в регуляции генов при старении
🗄HCSGD (Human Cellular Senescence Gene Database) — БД о клеточном старении человека
🗄CSGene (Cell Senescence Gene) Database — БД генов, связанных с клеточным старением
🗄Insilico (закрытый коммерческий проект, к которому у нас нет доступа)
Известные нам БД генов:
🗄HomoloGene — обширная база научных данных
🗄GeneCards: The Human Gene Database — обширная база данных о генах и белках
🗄UniProt — обширная база данных о генах и белках
🗄Gene Ontology — база данных о функциях генов
🗄Human Protein Atlas — база о белках, клетках, тканях, метаболических путях
🗄DisGeNET — ресурс по ассоциациям генов с болезнями
🗄BioGrid (Biological General Repository of Interaction Datasets) — информация о взаимодействиях генов
Если чё, у нас есть список из ещё 6000 биологических баз данных.
Итак, чего нам не хватает в существующих базах:
- Полной структурированной информации об изменениях работы генов, продлевающих жизнь животным;
- Информации об аллельных вариантах генов, ассоциированных с долголетием у людей;
- Полной информации о возрастных среднепопуляционных изменениях экспрессии гена по тканям у человека и животных;
- Данных об эволюционной истории гена;
- Представления списка всех генов и их основных характеристик в удобном для работы табличном формате;
- Возможности группировать гены по разным критериям и их сочетаниям;
- Постоянно обновляющейся информации.
То есть, нам надо хорошо описать 500–1000 генов. Дело, конечно, не только в генах. Необходимо создать базы и по возрастному изменению липидов, активности ретротранспозонов, описывать все повреждения и их вклад в старение, изменения клеточного репертуара, состава везикул и так далее. Но это потом.
Мало того, это же данные литературы. В какой-то момент надо начать собирать собственные омиксные данные о старении человека.
База данных о генах, ассоциированных со старением и долголетием, — это минимальный шаг. Если она не заполнена, значит, мы даже не попытались увидеть картину целиком.
Без этой работы также не будет никакой диагностики старения. Мы не можем при её создании проигнорировать информацию о работе важных генов.
Кстати, о IGF1, пожалуйста, еще один текст.
Еще раз хочу подчеркнуть, что нужно всю подобную информацию формализовать, иначе мы тонем в миллионах страниц или игнорируем большинство фактов при попытках создать лекарство от старости.
Пока у нас план простой. Всех убеждать, что проект важный и нужный, и искать людей, которые смогут вместе с нами его сделать.