Наши новости

Всё началось с того, что мы решили улучшить диагностику старения

...детальней описать маркеры старения. Рассказать, что они из себя представляют, как связаны и к каким выводам можно прийти, глядя на них. 

К лету прошло года у нас было 700 страниц текста, и как-то стало понятно, что никто это не прочтет, а ещё, с не формализированной информацией невозможно работать.

Плюс была еще такая проблема: надо как-то систематизировать маркеры. Логично было бы по функциям, но один и тот же белок может выполнять несколько функций, и тогда куда его ставить? Плюс какое число функций выбрать? Можно 5, но лучше 50. В последнем случаем работа становилась какой-то бесконечной.

Тогда возникла идея поставить маркеры в эволюционном порядке и посмотреть, когда возник тот или иной ген, влияющий на продолжительность жизни. Точнее, его гомолог — ген-прадедушка гена.

Я не могу употребить «ген старения» и «ген долголетия», потому что это будет неверно, но смысл в том, что именно эти гены очень сильно связаны со старением. Особенно привлекают внимание те, влияя на которые, можно увеличивать продолжительность жизни животных. Хорошо их вместе собрать и понять о них больше.

На самом деле, это дико интересно, посмотреть, а когда и какие гены, ассоциированные со старением и долголетием, появились в эволюции. Пока эта работа не выполнена: мы не знаем, например, они в большей степени появились у одноклеточных или многоклеточных и сменили ли они свои функции в результате эволюции? Также интересно посмотреть, в каких тканях они в большей степени экспрессируют и где в клетке работают их белки. То есть можно систематизировать их по-разному, если делать базу данных.

Конечно, не только гены, РНК и белки являются маркерами старения, но всё-таки это главное в организме, поэтому это первая база данных, с которой мы решили начать. Хотя, всякий «мусор» и «вред» тоже хочется систематизировать, чтобы запилить заодно и полноценную SENS-диагностику.

Итак, мы решили создать базу данных «Гены, ассоциированные со старением и долголетием». Большая трудность, оказалось, в том, что её никто не хочет финансировать. Хотя, казалось бы, столько людей предлагают создать или создали сервисы на тему «загрузите маркеры — мы дадим рекомендации», а без этой базы такие сервисы невозможны.

Мне пару раз предлагали делать такую базу закрытой, для какого-то конкретного проекта, но это тоже глупость: это ж борьба со старением, и требуется её постоянное пополнение, уточнение, да, и, вообще, открытость. Короче, база данных «Гены, ассоциированные со старением и долголетием» является обязательным условием для создания диагностики старения, но недостаточным. 

Поэтому базу мы делаем волонтерскими силами или полуволонтерскими, но, может, я кого-нибудь и смогу убедить её профинансировать. Например, этим постом. Тем более, что она улучшается и становится более привлекательной.

В самом начале мы основывались на данных, выгруженных из базы GeneAge и собственных данных, собранных вручную. Теперь у нас гораздо больше собственных данных, а также информации, полученной из других баз.

Какие данные об исследованиях ассоциации гена со старением и продолжительностью жизни мы рассматриваем?
  • Во-первых, нас интересуют эксперименты с модификацией гена и увеличением продолжительности жизни млекопитающих/не млекопитающих/культур клеток. Это признак для нас самый топовый.
  • Мы смотрим возрастные изменения экспрессии гена/активности белка у человека/млекопитающих/не млекопитающих.
  • Там, где были вмешательства в работу гена/продукта и предотвратили связанное со старением ухудшение процесса или системы.
  • Если есть аллельный полиморфизм, ассоциированный с долголетием или возрастным фенотипом.
  • Ассоциация гена с ускоренным старением у человека.
  • Участие продукта гена в регуляции генов, связанных со старением.

Для установления эволюционной истории мы берем:
  • Наиболее древний таксон, у которого обнаружен ген, и приблизительный возраст этого таксона, согласно филогенетическим исследованиям, короткое описание, основных событий, произошедших за время эволюции гена.
  • Наиболее древний таксон, у которого ген консервативен, согласно NCBI HomoloGene.

Дальше составляем обоснование (критерии отбора гена в базу) — список критериев отбора, которым соответствует ген (исследований ассоциации данного гена со старением). 

Также нам нужна общая информация о гене: 
  • Название, HGNC, синонимы.
  • Локализация гена на хромосоме (регион, начало региона, конец региона, минус-/плюс- цепь).
  • ID для получения данных из других баз.
  • Описание функции гена, предоставленное RefSeq.

Общая информация о продукте гена:
  • Классы белка с Human Protein Atlas.
  • Локализация в клетке.
  • Данные о концентрации белка в плазме крови.

Мы составляем собственную классификацию генов по участию в возрастозависимых процессах.

Суперважно – указать болезни, ассоциированные с геном.

Данные об экспрессии гена (уровень экспрессии в разных тканях, тканеспецифичность с Human Protein Atlas).

Данные о возрастных изменениях экспрессии гена: уменьшается, увеличивается или изменяется неоднозначно экспрессия гена с возрастом.

Данные из Gene Ontology (биологический процесс, клеточный компонент, молекулярное взаимодействие).

Соответственно, мы по всем этим признаком можем выбирать гены из базы.
В конечном счете хотелось, строя разные математические модели, опираясь на несколько дата сетов, понять, а на работу каких генов надо повлиять, чтобы увеличить продолжительность жизни. Когда этот самый конечный счет наступит не очень понятно, но мы движемся. Программное обеспечение опишу отдельно.

https://open-genes.com/

ps. Прошлый раз было много пафосных комментариев, что базу надо делать на английском. Она делается на двух языках, на русском и английском, просто надо найти там сверху справа переключатель.
Диагностика старения Open Genes Виртуальный НИИ