Наши новости

В исследованиях старения хочу обратить внимание на 3 крупных блока задач:

a. Исходя из 2 000 научных работ по продлению жизни животным, постараться установить взаимосвязи между тем, как возникает эффект продления, найти теоретическую, а в последствии — и практическую возможность для аддитивного эффекта (эффекта сложения) различных терапий против старения.

b. Необходимо больше понять о барьере, который пока не позволяет перенести результаты увеличения продолжительности жизни с лабораторных животных на человека.
c. Совершенствование диагностики старения.

Для решения этих задач и многих других необходима хорошо формализованная база знаний о старении. Не ошибусь на порядок, если скажут, что это где-то 20 баз данных, детально описывающие все аспекты старения.

Пожалуй, центральной базой данной должна быть «Гены, ассоциированные со старением и долголетием». 

Собственно, мы её и пытаемся сделать волонтерскими силами.

Можно еще раз подчеркнуть, что без неё невозможна сколько-нибудь качественная диагностика старения. Невозможны достоверные сервисы в духе «загрузите данные, мы вам дадим советы по профилактики старения». Вы ведь всегда должны обосновать, почему вы взяли именно эти параметры, а не другие, почему вы их именно так трактуете. В целом, на какой массив информации вы опираетесь? 

То есть нужна не одна база про гены, но и про клетки, сигналинг, метаболиты, факторы воспаления и так далее.

Тут идея такая: сначала одну базу сделать, потом найти деньги на все остальные. 
Как я уже сказал, мы в Open Longevity создаем такую базу, и вот какие задачи мы хотели бы решить и какие не решены в похожих проектах:
1. Создать эволюционную историю генов, ассоциированных со старением и контролем продолжительности жизни;
2. Собрать максимально полную, структурированную информацию об изменениях работы генов, продлевающих жизнь животным;
3. Систематизировать информацию об аллельных вариантах генов, ассоциированных с долголетием у людей;
4. Получить полную информации о возрастных среднепопуляционных изменениях экспрессии гена по тканям у человека и животных;
5. Представить список всех генов и их основных характеристик в удобном для работы табличном формате;
6. Иметь возможность группировать гены по разным критериям и их сочетаниям;
7. Добиться постоянного обновления информации.

Так как средств у нас очень мало, то двигаемся мы медленно в этом проекте. Проект некоммерческий и мне довольно сложно доказать, что он самый важный. Прям игла в яйце, а не проект. Темп вот такой, держите релиз за май:
«Исправлен вывод GO terms на странице гена.
Добавлен вывод ортологов на странице гена.
Добавлена страница «Новости» со списком свежих публикаций из PubMed, касающихся генов, представленных в базе.
В значения вариантов возрастных изменений экспрессии в списке генов на главной добавлен вариант «Нет данных».
Добавлен эндпоинт, отдающий гены с GO terms для поиска генов по Gene Ontology (Биологический процесс, Клеточный компонент, Молекулярное взаимодействие).
Исправлены формулировки в таблицах исследований на странице гена.
Много правок по верстке проекта и улучшений.
Разработан сервис, работающий с данными в LocalStorage
Добавлен раздел «Избранное», куда можно добавлять гены из списка на главной (Контекстное меню -> Добавить в Избранное).
В ответе эндпоинта /api/gene добавили timestamp последних изменений для каждого гена.
В базу добавлены данные о тканеспецифичности гена и о связи с заболеваниями. Эти данные теперь есть в ответе эндпоинта api/gene/*symbol*

Для 30 генов добавили данные об исследованиях их ассоциации со старением:
эксперименты с увеличением продолжительности жизни или замедлением связанных со старением ухудшений у животных, подтверждения возрастных изменений экспрессии генов у людей и модельных животных, ассоциаций аллельных вариантов генов с долголетием».

Чтобы обработать и занести информацию примерно о 500 генах, нам нужно порядка 3 миллионов рублей. Тут не очень понятно, где нам их взять, тем более, вон что на улице творится. Рабочая гипотеза такая, что сейчас мы напишем книжку о старении и там всем объясним, почему и как нужно систематизировать информации о старении и продолжительности жизни. 

Так вот, пока денег нет, зову волонтеров — программистов, биоинформатиков и молекулярных биологов — поработать над очень важным проектом в области старения. Сначала бесплатно, когда появятся деньги — начнем платить. 

А это прототип, но можно примерно представить, что мы хотим.



Диагностика старения Open Genes