Генетика старения:
Open Longevity Genes
База данных и веб-приложение для изучения генетики старения и связанных с ним процессов.
Ниже на этой странице мы объясняем, что это за база данных и зачем она нужна. Можно и сразу в базу сходить, вот же она:
Что не так с другими базами данных?
Существует большое количество баз данных генов и белков. Зачем ещё одна?
Мало про старение
Баз данных генов, связанных именно со старением, на самом деле не так много. Явно недостаточно.
Неактуальные данные
Среди них есть базы, которые давно не обновлялись. Данные в них не актуальны и требуют перепроверки.
Неправильная структура
Сам подход к наполнению базы обычно ограничивается задачей собрать в одном месте какие-то определенные данные о каждом гене. Поэтому базы данных предоставляют информацию о конкретных генах, но не дают возможности сравнивать их или их продукты между собой.
Устаревшие технологии
Сайты многих баз были разработаны давно или же при разработке использовались уже устаревшие подходы и технологии. Это часто сказывается на удобстве пользования. Например, во время поиска приходится угадывать, какое название гена из множества существующих синонимов нужно ввести.
Нет API
Не всегда есть или документирован API, не всегда отдает то, что вы ожидаете получить.
Что мы хотим сделать
Для изучения старения необходим комплексный подход. Здесь пригодятся базы данных со всеми известными генами, связанными со старением. В нашем продукте будут:
    Полнота и актуальность информации
    Когда появилось большинство генов? С какими заболеваниями они связаны? В какие процессы они вовлечены?
    Удобство работы с данными
    Все необходимые инструменты для поиска, сортировки, фильтрации и сопоставления генов по различным параметрам.
    Удобство для специалистов
    Работа с базой как на сайте, так и при помощи запросов к API. Удобство и стабильная работа приложения.
    Удобство для всех
    Увлекательный, интуитивно понятный интерфейс вовлечёт в изучение генетики любого. Таков план.
    Цель — создать инструмент, который поможет в поиске новых целевых биохимических способов продления жизни и прогнозировании эффективности терапии старения.
    Что уже сделано?
    Нашей первой задачей было — определить эволюционный возраст генов человека, ассоциированных со старением, чтобы проследить, существует ли связь между возрастом гена и его ролью в старении.

    Мы вручную собрали информацию об эволюции гена, его функциях и методах определения ассоциации гена со старением и продолжительностью жизни. Эти данные мы берем из исследовательских или обзорных научных статей. Вы можете найти эту информацию на странице гена, кликнув по ссылке в таблице на главной. Там же вы найдете ссылки на источники.
    На сайт уже добавлены данные о 90 генах.
    Чем мы заняты сейчас?
    Наша команда состоит из разработчиков и биологов. Задачи тоже разделены между ними и часто пересекаются.

    Если в самом начале было необходимо утвердить методику для определения эволюционного возраста генов и добавить первые данные в базу, то теперь для нас важно систематизировать и формализовать полученные данные до того, как их станет значительно больше. Это глобальная задача, которая касается:
    • поиска информации о генах и отбора данных,
    • сбора данных из других баз,
    • структуры самой базы данных
    • представления данных на сайте.
    Недавно мы добавили много нового
    Поиск генов по имени
    Сортировка по имени и возрасту
    Автоподсказки в поиске при вводе
    API для взаимодействия с базой, документацию о котором мы скоро обновим в соответствующем разделе на сайте.
    На ближайшее время запланировано
    Выборка генов по различным критериям
    01
    Визуализация данных
    Схемы, таблицы, графики
    02
    Экспрессия генов
    Более подробные данные об экспрессии гена
    03
    Поиск по GO-terms
    04
    Формализация
    Формализация всех описаний на странице гена, приведение к общему виду
    05
    comments powered by HyperComments